شبیه‌سازی داکینگ مولکولی یک روش محاسباتی است که برای پیش‌بینی برهم‌کنش دو مولکول متصل شونده استفاده می‌شود. در این روش، ساختار مولکولی و اتصالات آن با دیگر مولکول‌ها بررسی می‌شود. هدف اتصال لیگاند به پروتئین، پیش‌بینی حالت‌های متصل کننده اصلی لیگاند با پروتئین دارای ساختار سه‌بعدی شناخته‌شده است. از آن‌جایی که داکینگ مولکولی توانایی پیش‌بینی اتصال و ترکیب لیگاندهای مولکولی کوچک به محل اتصال مناسب را داراست، یکی از متداول‌ترین روش‌ها در طراحی دارو است. اطلاعاتی در زمینه نحوه اتصال نیز به کاربر ارائه می‌دهد. از طرف دیگر، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، با بررسی حرکت اتم‌ها و مولکول‌ها در طی زمان، اطلاعاتی از نظر ساختار و پویایی اتم‌ها در سیستم‌های مولکولی فراهم می‌کند. این تکنیک، بر اساس قوانین فیزیک نیوتنی، حرکت و برهم‌کنش اتم‌ها را پیش‌بینی می‌کند. در کل، داکینگ مولکولی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، ابزارهای مهم در زیست‌شناسی مولکولی و طراحی دارو هستند.